در پی ترور غافلگیرکننده محسن فخری‌زاده دانشمند برجسته هسته‌ای ایران، محسن رضایی دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام در پیامی به حسن روحانی نوشت که «ادامه چنین اقداماتی بیانگر ناتوانی دستگاه اطلاعاتی کشور است و باید چاره‌ای برای برطرف‌سازی چنین ناتوانی اندیشیده شود».
پاسدار حسین علایی فرمانده پیشین سپاه پاسداران نیز در انتقاد از این رخنه امنیتی آشکار در عرصه ایران تأکید کرد که «اسرائیل بیش از ۱۰ سال است که در داخل ایران اقدام به عملیات از جمله ترور دانشمندان می‌کند».
سپاهی علایی افزود که شیوه ترور فخری‌زاده رئیس سازمان پژوهش و نوآوری در وزارت دفاع نشان می‌دهد که ساختار عملیاتی اسرائیل در ایران فوق‌العاده پیشرفته و متکی بر اطلاعات دقیق است.
حسین دهقان، مشاور نظامی خامنه ای نیز گفت که علت ترور محسن فخری‌زاده “رخنه و نفوذ و شکاف” امنیتی بوده و مقامات مسئول «باید جواب دهند».
او گفت با وجود تسلط و اشراف اطلاعاتی که حکومت ایران دارد در برخی موارد “رخنه” رخ می‌دهد و مواردی چون “عملیات تروریستی” در مجلس رخ می‌دهد.
مشاور نظامی خامنه‌ای در ادامه خواستار آسیب‌شناسی در دستگاه اطلاعاتی ایران برای تکرار نشدن چنین حوادثی شده است.
او همچنین با رد انتقادها درباره کافی نبودن حفاظت از آقای فخری‌زاده گفت که این فرد “کاملا حفاظت می‌شد و تیم حفاظت ایشان در سطوح بالای حفاظتی بود” و “خودروهای مناسب در اختیار” فخری‌زاده قرار داشته است.
این در حالی است که حسن روحانی اسرائیل را به دست داشتن در ترور فخری‌زاده متهم کرد و این اقدام را تلاشی برای ایجاد آشوب در منطقه تلقی کرده و تأکید داشت که کشورش در این “دام” نخواهد افتاد.
او وعده داد که پاسخ به این اقدام “در زمان مناسب” داده خواهد شد، علی خامنه‌ای رهبر نظام بر ضرورت پاسخ حتمی و مجازات آمران و عاملان ترور فخری‌زاده و لزوم ادامه فعالیت‌های او در عرصه هسته‌ای تأکید کرد.
محمد جواد ظریف نیز نخستین مسئولی بود که انگشت اتهام را به سمت اسرائیل گرفت و در پی این ترور تأکید کرد که نشانه‌های جدی در مورد دست داشتن اسرائیل در این ترور وجود دارد.
انتقادها از وضعیت و عملکرد نهادهای اطلاعاتی ایران در حالی افزایش یافته است که از حداقل ۱۶ نهاد اطلاعاتی ایران که در مجموعه “شورای هماهنگی اطلاعات” فعالیت دارند، اکثر نهادهای امنیتی و اطلاعاتی مهم جز وزارت اطلاعات تحت نظر رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای زیر نظر او اداره می‌شوند.
علاوه بر این، از سال ۹۲، مقام‌های ارشد سپاه پاسداران اعلام کردند که با توجه به ترور چند دانشمند هسته‌ای، حفاظت از این چهره‌ها به سپاه پاسداران واگذار شده است.
محمدحسن کاظمی، جانشین فرمانده حفاظت اطلاعات سپاه، نیز هفت سال پیش گفته بود: «بعد از ترور دانشمندان هسته‌ای حفاظت از این شخصیت‌ها نیز به سپاه واگذار شد که شاهدیم پس از این فرمان ترور موفقی صورت نگرفت».
همچنین علی نصیری، فرمانده حفاظت سپاه پاسداران، نیز دو سال پیش تکرار کرد و گفت از زمانی که دانشمندان هسته‌ای «زیر چتر حفاظت سپاه، قرار گرفته‌اند، دیگر شاهد ترور آنها نیستیم».
مقام‌های ارشد امنیتی و حفاظتی سپاه پاسداران درباره ترور محسن فخری‌زاده توضیحی نداده‌اند، ولی حسین سلامی، فرمانده سپاه پاسداران، در توییتر نوشته است که “انتقام و مجازات سخت” در دستور کار قرار گرفته است.
