با آن که اسرائیل در آذربایجان هیچ حضور نظامی ندارد، ولی شماری از تحلیلگران بر این گمان هستند که روابط ایران و آذربایجان در حدی مستحکم است که رژیم ایران خود را واقعا در خطر احساس می کند. شاید هم این، یکی علت حملات و اتهامات گسترده خامنه ای و سپاه پاسداران علیه اسرائیل، در نزاع کنونی با آذربایجان باشد.
روابط اساسی آذربایجان و اسرائیل، شامل خرید جنگ افزارهای پیشرفته ساخت اسرائیل و فروش نفت به این کشور است. با این همه، پیروزی آذربایجان بر ارمنستان در جنگ ۴۴ روزه، در درجه نخست مدیون دخالت فعال ارتش ترکیه به سود آذربایجان و همچنین استفاده بیسابقه از پهپادهای جنگی ساخت ترکیه بوده که کارآیی آن کاملا به اثبات رسید.
با این همه بارها گفته شده که ممکن است در صورتی که اسرائیل بخواهد تاسیسات اتمی رژیم ایران را نابود کند، این حمله از خاک آذربایجان صورت خواهد گرفت. در مورد انفجار در کارخانه سانتریفوژ سازی در کرج نیز ادعا شد که پهپادهای اسرائیلی از خاک آذربایجان پرواز کرده بودند.
ادعای دیگر که هنوز نمی توان درستی آن را ثابت کرد این احتمال است که اسرائیل حدود یکصد هزار سند را که از انبار اسناد اتمی رژیم ایران از محله شورآباد در جنوب تهران به اورشلیم منتقل کرد، از طریق خاک آذربایجان عبود داده شده است.
یک احتمال دیگر نیز که پیرامون همکاری های امنیتی و نظامی اسرائیل و آذربایجان مطرح گردیده این ادعاست که اسرائیل در خاک آذربایجان تاسیسات رصد کردن الکترونی فعالیت های نظامی در داخل ایران را برپا کرده و از این رو، دقیقا می داند که در داخل ایران در این زمینه چه می گذرد.
دولت آذربایجان همه این شایعات و ادعاها را نادرست خوانده و آن را رد کرده است و طبیعتا اسرائیل نسبت به آن سکوت کرده و می کند.
ولی به گفته برخی تحلیلگران ایرانی، قدرت علمی و اطلاعاتی و عملیاتی اسرائیل است که رژیم ایران را بیش از پیش نگران ساخته است.
خانم فرزانه روستایی در یک مناظره تلویزیونی درباره تنش بین ایران و پاکستان یادآور شد که اسرائیل یکی از تواناترین کشورهای جهان در امور تکنولوژی و دستگاه های اطلاعاتی است و این امر، حکومت ایران را به هراس وا می دارد.
در این مناطره همچنین یادآوری شد که اگر هلاکت فخری زاده در آبسرد کار اسرائیل بوده، این کشور آنقدر قدرت عملیاتی دارد که می تواند یک تیربار سنگین و اتوماتیک به وزن یک تن را در کنار جاده نصب کند و محسن فخری زاده را هدف قرار دهد و آن تیربار خود را منهدم سازد. همچنین رشته عملیات دیگری که در داخل ایران به اسرائیل نسبت داده می شود نشان توانمندی های اطلاعاتی و عملیاتی این کشور در برابر رژیم ایران است.
آن چه که مورد تمسخر برخی از تحلیلگران قرار گرفت این واقعیت بود که فرماندهان سپاه و مقامات ارشد رژیم ایران ادعا می کنند که رزمایش “فاتحان خیبر” هشداری به اسرائیل بوده است، گفتند که رژیم ایران چگونه می تواند با نیروی زمینی خود و با برگزاری رزمایش زمینی در نزدیکی مرزهای همسایه شمالی خود، قدرت جنگی خود را به رخ اسرائیل بکشاند – یعنی کشوری که بیش از یک هزار و دویست کیلومتر از ایران فاصله دارد و با تانک و نفربر رزهی نمی توان آن کشور را تهدید کرد.