شورای عالی امنیت ملی ایران از او به دلیل طرح موضوع مذاکره با آمریکا شکایت کرده است.
حشمت الله فلاحت پیشه، رئیس پیشین کمیسیون امنیت ملی مجلس، فاش ساخت که شورای عالی امنیت ملی رژیم، شکایت دارد از این که چرا او گفته است که رژیم ایران باید با آمریکا وارد مذاکره شود. او گفت که شورایعالی امنیت به همین خاطر از این نماینده ارشد مجلس، که اخیرا مغضوب واقع شده، به هیات نظارت بر نمایندگان مجلس و قوه قضاییه شکایت کرده است.
وی گفته است: این رفتار شورا مایه تعجب و قابل تامل است و در زمان ریاست او بر کمیسیون امنیت ملی مجلس، هیچ گونه رابطه ساختاری بین این کمیسیون و شورای عالی امنیت ملی وجود نداشته است.
شورای عالی امنیت ملی ایران، نهاد بالادستی حکومت ایران در موضوعات مرتبط با امنیت ملی رژیم ایران از جمله پرونده هسته‌ای ایران است و رئیس‌جمهوری ریاست آن را بر عهده دارد.
بر اساس مصوبات ۷۱۶ و ۵۷۱ کمیته سیاست‌گذاری تبلیغات رسانه که وابسته به دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی حکومت ایران است، مطرح کردن هر نوع مذاکره با آمریکا ممنوع است.این ممنوعیت بر اساس شورای عالی امنیت ملی ایران اعلام شده است.
متن این مصوبات تاکنون منتشر نشده است ولی به نظر می‌رسد مرتبط با سخنان سال گذشته خامنه‌ای، است که اعلام کرده بود «مذاکره با آمریکا ممنوع است».
فلاحت‌پیشه در حدود ۲ ماه پیش در صفحه شخصی توئیتر خود نوشته بود: پیشنهاد می کنم برای جلوگیری از اعمال نفوذ بازیگران ثالث یک میز مدیریت تنش بین ایران و آمریکا به میزبانی عراق یا قطر تشکیل شود.
کیوان خسروی، سخنگوی شورای عالی امنیت ملی حکومت در همان زمان در واکنش به این پیشنهاد فلاحت پیشه گفته بود: اظهارات شخصی و غیرمرتبط، تاثیری بر سیاست‌های راهبردی حکومت ایران ندارد.
این سخنان خسروی با واکنش منفی فلاحت‌پیشه مواجه شد و او در توئیت دیگری تلویحا نهادهای تصمیم‌گیر در سیاست خارجی جمهوری اسلامی را به «انفعال در مدیریت تنش» متهم کرد.
محمدجواد جمالی، سخنگوی هیات نظارت بر رفتار نمایندگان مجلس پیشتر گفته بود شورای عالی امنیت ملی و دادستانی ادعا کرده‌اند که فلاحت‌پیشه در برابر سیاست‌های راهبردی نظام ایستاده است.
فلاحت‌پیشه ماه گذشته در رقابت با مجتبی ذوالنور، به خاطر موضعگیری هایش در مجلس بازنده شد و ریاست کمیسیون امنیت ملی مجلس را از دست داد. او دو سال پیش موفق شده بود به ریاست ۱۴ساله علا‌ءالدین بروجردی بر این کمیسیون مهم مجلس پایان دهد ولی در حفظ این کرسی بعلت مخالفت هایش با جناح تندرو در حکومت ناموفق بود.
این نماینده مجلس همان روز در واکنش به این شکست در توئیت معترضانه‌ای نوشت که در طول یک‌سال گذشته با کاسبان جنگ و تحریم مقابله کرده و بدون توجه به تهدید و تحدید نوچگان قدرت به حوزه عمومی باز می‌گردد.
بعد از حشمت‌الله فلاحت‌پیشه، محمود احمدی‌نژاد، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام حکومت نیز در گفت‌وگو با نیویورک تایمز خواستار مذاکره مستقیم ایران و ایالات متحده شده است.
مقام‌های ارشد دیپلماسی و شورای عالی امنیت ملی ایران تاکنون به پیشنهاد احمدی‌نژاد واکنشی نشان نداده‌اند.
خلاصه هیچ کسی درهیچ مقامی حق بیان حقیقت ویا نفع ملت ایران را ندارد . به این میگن حکومت آزاد ومستقل واسلامی کامل وآزادی بیان.