حوزه علمیه قم انتقادهای شدید و تکان دهندۀ آیت الله محمود امجد را در مورد جنایات رژیم و شخص علی خامنه ای مردود دانست و به توهین و تحقیر او پرداخت. آیت الله امجد در یک کلیپ ویدیویی که بازتاب بسیار گسترده داشت، از جمله، روح الله زم را شهید خوانده و از مردم پرسیده بود که چرا علیه جنایات رژیم سکوت می کنند؟
حوزۀ علمیه قم که بودجه آن به طور کامل از جانب رژیم و شخص خامنه ای تعیین می شود، این انتقادها را “ناوارد و گستاخانه” نامید.
علیرضا اعرافی مدیر حوزههای علمیه قم با انتشار بیانیهای، آیت الله محمود امجد را “سادهلوح” و سخنان او علیه خامنهای را “گستاخانه” خواند.
محمود امجد، از اساتید حوزه علمیه قم، از علی خامنهای، به دلیل اعدام روحالله زم؛ و کشتار هزاران جوان در ایران در پیامی رهبر حکومت اسلامی را مسئول خونریزیها در ایران دانست و از او خواسته بود دست از استبداد بردارد.
اعرافی در این بیانیه از طرف حوزههای علمیه کشور با رهبر حکومت ایران اعلام بیعت کرده و در بخشی از آن آورده است: «گستاخی در برابر این نماد دین و ملت و نادیده انگاری این پارسایی و هدایت از هیچکس پذیرفته نیست و به قاطعانهترین شکل محکوم و مطرود است».
او در این بیانیه از “حرمتشکنان بیانصاف” خواسته شده به دامن انقلاب برگردند و توبه کنند.
پیشتر نیز پس از افشاگری آیت الله منتظری از اعدام های سال ۶۷ ، دفتر خمینی، سخنان او را تحریفشده و نامنصفانه دانستند.
منتظری در رابطه با اعدامهای جمعی خطاب به هیئت تصمیمگیر در مورد اعدامها از سال ۶۰ و بویژه ۶۷ گفته بود: «به نظر من بزرگترین جنایتی که از اول انقلاب تا حالا در جمهوری اسلامی شده است و در تاریخ ما را محکوم میکنند، این کاری است که به دست شما انجام شده است و شما را در آینده جزء جنایتکاران تاریخ مینویسند.»
منتظری در ادامه مقامهایی در حکومت را متهم میکند که از مدتها پیش به دنبال اعدام زندانیان بودهاند و میگوید «این چیزی است که اطلاعات رویش نظر داشت و سرمایه گذاری کرد».
هر بار در ایران شخصیت های مذهبی و سیاسی از جنایت ها و کشتارهای رژیم و بویژه خامنه ای سخن می گویند و اعتراض می کنند سرانجام آنان به زندان و حبس و مرگ ناگهانی دچار می شوند حال هم حکومت سعی دارد که محمد امجد را گستاخ و ساده لوح معرفی کند.
گفتنی است که در گذشته، حوزه علمیه قم هزینه های خود را از طریق تبرعات باورمنان شیعه تامین می کرد، و از این رو، در ابراز نظر در مورد رویدادهای کشور از آزادی عمل برخوردار بود، ولی از چند سال پیش، رژیم بر آن هدایای مالی کلان مسلط گردید و حوزه علمیه را به جیره خوار رژیم مبدل کرد و استقلال آن را پایمال ساخت.