علی خامنه ای در پیامی در واکنش به کشته شدن محسن فخری زاده، عضو سپاه پاسداران، و رییس پژوهش و نوآوری وزارت دفاع گفت: عنصری علمی و کم‌نظیر بود که جانش را در راه خدا داد اما همه‌ی دست‌اندرکاران، موضوع ترور وی را باید به طور جد در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی او در همه‌ی بخش هایی که در آنها اشتغال داشت.
سیامک دهقان‌پورخبرنگارصدای آمریکا پیشتر گفته بود که محسن فخری‌زاده جعبه سیاه برنامه هسته‌ای حکومت اسلامی بود. رژیم هرگز به آژانس اجازه نداد با او درباره آزمایش چاشنی‌های انفجاری برای ساخت کلاهک هسته‌ای مصاحبه شود.
او در ادامه افزود: حذف او به نفع کسانی است که دسترسی به او را خطرناک می‌دیدند؟
وال‌استریت ژورنال نیز در گزارشی در مورد ترور محسن فخری‌زاده، عضو سپاه پاسداران، به نقل از مقاماتی که در «دیپلماسی هسته‌ای با ایران» نقش داشته‌اند نوشت: فخری‌زاده طی دو دهه اخیر بیش از هر کسی دیگری در مورد فعالیت‌های هسته‌ای ایران اطلاعات داشت
در ادامه این گزارش آمده است : فخری‌زاده عملا مدیر برنامه نظامی‌سازی فعالیت‌های هسته‌ای ایران بود و او بود که تصمیم می‌گرفت افراد چگونه استخدام شده و در چه سمت‌هایی قرار گیرند، چگونه برنامه سری بماند، و چگونه این دانش و قابلیت‌ها حفظ شود.
گفته شده است که پس از انتشار خبر کشته شدن فخری زاده شماری از بسیجیان و تندروهای حکومت در اعتراض به کشته شدن محسن فخری‌زاده از ‘چهره‌های کلیدی’ برنامه هسته‌ای رژیم ایران در خیابان پاستور تهران تجمع کرده و شعار داده‌اند “باید به جای مذاکره و تسلیم با آمریکا جنگ کرد”.
شماری از چهره‌های سیاسی حکومت نیز بازرسان آژانس را به درز اطلاعات هسته‌ای رژیم ایران به اسرائیل متهم می‌کنند.
در شهر قم نیز تندرویان حکومت با نصب بنری از فخری زاده نوشته اند این است نتیجه مذاکره ؟؟؟
