بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی حکومت ایران، با رد سخنان جواد کریمی قدوسی، نماینده مجلس، درباره دیدار فخری‌زاده با یوکیا آمانو مدیرکل فقید آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، اعلام کرد: «فخری‌زاده در هیچ ملاقاتی با مدیرکل آژانس حضور نداشته و هیچ‌گاه دیدار، مصاحبه، ملاقات و مذاکره‌ای با هیچ بازرس و مقامی از آژانس نداشته است».
او درحالی این سخنان را بیان می کند که قدوسی روز گذشته (شنبه) در توییتی خطاب به حسن روحانی نوشته بود: «با اصرار دشمن و تاکید شخص جنابعالی دانشمند هسته‌ای کشورمان دکتر محسن فخری‌زاده با یوکیا آمانو مدیرکل سابق آژانس بین‌المللی انرژی اتمی ملاقت داده شد».
کریمی قدوسی همچنین خطاب به روحانی تاکید کرد که «قطعا روزی باید در محکمه عدالت پاسخگو باشید که این چنین راحت سرمایه‌های کشور را در دسترس جاسوسان و قاتلان موساد قرار دادید.»
با آنکه صفحه توییتر کریمی قدوسی ساعتی بعد از انتشار این پیام از دسترس خارج شد اما علیرضا معزی، معاون ارتباطات دفتر رییس جمهوری اسلامی، در نامه‌ای به بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی ایران، درباره سخنان این نماینده مجلس استعلام کرد.
بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی، در پاسخ به استعلام معاون دفتر حسن روحانی با رد ملاقلات یا مصاحبه فخری‌زاده با مدیرکل پیشین و فقید آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، طی نامه‌ای رسمی در خصوص توییت جواد کریمی قدوسی نماینده مجلس شورای اسلامی تاکید کرد که «محسن فخری‌زاده هیچ‌گاه در هیچ ملاقاتی چه با مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی و با هیچ بازرس و مقامی از آژانس دیدار، مصاحبه، ملاقات و مذاکره نداشته است و بدین وسیله به اطلاع می‌رساند محتوای توییت مورد اشاره به هیچ وجه صحت ندارد».
همزمان، علیرضا معزی، در این باره افزود: «دروغ بستن بی‌‌پروا و بازیچه‌کردن بی‌شرمانه خون کسی که فراتر از نام‌ها و رنگ‌ها، سرمایه‌ی یک ملت بود، ترور انسجام ملی است».
او خطاب به کریمی قدوسی نوشت: «اینچنین فروغلتیدن در تله‌ی قاتلان، حتی اگر خیانتی آگاهانه هم نباشد نیازمند پیگیری دقیق‌تر انگیزه‌هاست. اصرار چند ساله بر دروغگویی، اصلا عادی نیست».
مقام‌های حکومت اسلامی تاکنون به طور رسمی سمت فخری‌زاده به ویژه در خصوص فعالیت‌های هسته‌ای را اعلام نکرده‌اند.
علاوه بر این، تاکنون گزارشی رسمی از سوی حکومت ایران درباره جزئیات ترور فخری‌زاده که دو روز پیش رخ داد منتشر نشده است و به همین دلیل گمانه‌زنی‌های مختلفی در این باره مطرح شده است.
اما حسن روحانی “استکبار جهانی” و اسرائیل را مسئول ترور فخری‌زاده دانسته، و بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی ایران، روز شنبه گفت که «عوامل انفجار اخیر در تاسیسات اتمی نطنز با ترور محسن فخری‌زاده “یکی است” و به نظر می‌رسد اسرائیل در این قضایا نقش دارد».
