در ادامه جدل بین نهادهای مختلف در حکومت ایران، در مورد آن که چه نهادی مسؤول شلیک موشک به سوی هواپیمای مسافری اوکراین بوده و این فاجعه را به وجود آورده، سازمان هواپیمایی رژیم ادعا کرد که در این زمینه تقصیری نداشته و مراکز نظامی اجازه داده بودند که پرواز هواپیمای مسافری از فرودگاه بین المللی حومه تهران از سر گرفته شود.
کارشناسان امور پیشتر گفته بودند که در شرائط آماده باش، و در حالی که رژیم ایران به شدت نگران امکان حمله هوایی ایالات متحده، به دنبال حمله موشکی سپاه به پایگاه نظامی آمریکا در عراق بود، سازمان هواپیمایی می بایست پرواز های مسافری را متوقف سازد. ولی این سازمان اکنون می گوید که اجاره از سرگیری پروازها، صادر شده بود.
سازمان هواپیمایی کشوری، با انتشار بیانیه ای اعلام کرد: «مسؤول بررسی سانحه در اولین فرصت هماهنگی لازم با مراجع ذیربط را انجام داده و تأییدیه عدم انجام هرگونه عملیات نظامی را در مرکز کشور دریافت کرد».
در این بیانیه امده است: «متأسفانه علی رغم پیگیری های متعدد و مکرر سازمان هواپیمایی کشور تا زمان صدور اطلاعیه ستاد کل نیروهای مسلح هیچگونه اطلاع رسانی درباره اصابت موشک سامانه‌های پدافند به هواپیمای مسافربری کشور اوکراین به این سازمان صورت نگرفته است».
برخی از کاربران در فضای اجتماعی نوشته اند : الگوی جمهوری اسلامی در شیوه اعتراف به سرنگون کردن یک هواپیمایی مسافربری با شلیک موشک سپاه دقیقاً شبیه الگوی اعترافش درباره جنایت کهریزک در سال ۱۳۸۸ است.
مرداد ۱۳۸۸ گفته شد که وقتی رهبر جمهوری اسلامی از جنایتی که در بازداشتگاه کهریزک رخ داده و به شکنجه و کشته‌شدن مردم معترض به نتایج انتخابات ریاست‌جمهوری منجر شده، اطلاع یافت، به شورای عالی امنیت ملی دستور سریع پیگیری داد و بازداشتگاه تعطیل شد.
گفتنی است در سقوط هواپیما هم خبرگزاری فارس نوشت که روز جمعه، ۲۰ دی، دو روز پس از سقوط هواپیما، وقتی خامنه‌ای مطلع شد که «خطای فاجعه‌بار» صورت گرفته، دستور تشکیل جلسه شورای عالی امنیت ملی را صادر کرده و گفته نتایج آن «صریح و صادقانه» به اطلاع مردم برسد.
فقط پرتاب موشک مورد تائید است همین البته قبل از پرواز باید از ماموران موساد اجازه گرفته می شد که خط اضغال بود ما ۲۰سال است حمله به عین الاسد را اموزش میبینیم بعد از حملات یازده سپتامبر