سقوط حکومت عمر البشیر در سودان با ابراز خشنودی عمیق در اسرائیل روبرو شد اما مقام های رسمی کشور از ابراز واکنش درباره آن خودداری ورزیدند.
عمر البشیر که یک فرد نظامی بود و در طول سال های حکومت خود به سرکوب مردم سودان می‌پرداخت و در جنایات دارفور نقش مستقیم ایفا کرده بود با حکومت اسلامی ایران روابط تنگاتنگی داشت که گرچه در سالهای اخیر این رابطه ی نسبتا به سردی گراییده بود اما هنوز هم همکاری های گسترده بین دو کشور در جریان بود.
از جمله حکومت ایران مسیر سودان را برای رساندن اسلحه به نوار غزه از طریق شبه جزیره سینا مورد استفاده قرار می داد.
دست کم در دو مورد هواپیماهای اسرائیلی کاروان‌های اسلحه را که از طریق سودان رهسپار صحرای سینا به هدف رساندن آن مهمات به غزه بود بمباران کردند و خسارات سنگینی به آن وارد آوردند.
همچنین بیش از ۱۶۰۰ تن از پناهجویان سودانی در اسرائیل زندگی می‌کنند و اکنون این پرسش مطرح است که آیا در کشور آنها آرامش برقرار خواهد گردید که اسرائیل بتواند آنها را به سرزمین پدری خود بازگرداند.
حقوقدانان در پاسخ به این پرسش می گویند که هنوز وضع سود آن بسیار آشفته است و هیچ اطمینانی وجود ندارد که دموکراسی واقعی در آن کشور برقرار گردد.
همچنین باید دید که فرماندهی کل ارتش سودان که مجری کودتا بوده آیا به قول‌های خود وفا خواهد کرد و حکومت را تحویل مردم خواهد داد و یا آن که خواهان ادامه فرمانروایی و حفظ قدرت خود خواهد بود.
ظاهرا نمی توان آنچه را که در روزهای اخیر در سودان به وقوع پیوسته نشان از بهار عربی در آن کشور دانست اما این بهار جز در مورد تونس هنوز هیچ گونه نتایج رضایت بخشی در بر نداشته است.
عمر البشیر در سالهای نخست به قدرت رسیدن خود با حکومت اسلامی ایران در مورد فعالیت‌های تروریستی در جهان همکاری تنگاتنگی داشت و پول های کلانی از ایران دریافت کرد و چند پروژه مشترک تروریستی با رژیم ایران را انجام داد.
حکومت ایران نیز متقابلا دهها و شاید صدها میلیون دلار پول به حکومت کودتا عمر البشیر در سودان اعطا کرد و انجام یک رشته برنامه‌های عمرانی در آن کشور را که از آن جمله جاده سازی و احداث واحدهای مسکونی بود را به عهده گرفت.
اما در سالهای بعد از آن و به ویژه پس از کشتار در دارفور عمر البشیر تصمیم گرفت تا از راه ترور بازگردد و از آن پس روابط او با حکومت اسلامی ایران چندان نزدیک و دوستانه نبود.
با این همه همان گونه که گفته شد سودان بارها به حکومت ایران امکان داد که که از طریق بنادر سودان برای تروریستهای حماس و جهاد اسلامی در غزه اسلحه بفرستد.
در سالهای اخیر بارها گفته شده بود که اسرائیل و سودان می‌کوشند با یکدیگر ارتباطاتی برقرار کنند تا شاید زمینه همکاری‌های بیشتر را فراهم کنند.
اما همیشه مقام های دو کشور آن را نادرست می خواندند.
اسرائیل برای مقابله با خطرات تروریستی از جانب سودان با دولت سودان جنوبی روابط بسیار دوستانه برقرار کرد و حتی در یاری رسانی به امور مختلف در سودان جنوبی و از جمله امور نظامی- کشاورزی- آبیاری -پزشکی و غیره کمک‌هایی به این کشور اعطا کرد.
اما روابط با سودان جنوبی نیز به علت آنچه که در داخل آن کشور می‌گذرد و عدم ثبات سیاسی چندان مستحکم نیست.
