اگر قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در یکجا اختیار بیچون و چرایی برای رئیسجمهور قائل باشد، این اختیار درباره امور برنامه و بودجه است. اما علی خامنهای با دخالت در زمینه بودجهنویسی و تحمیل نظراتش به حسن روحانی، این اختیار را هم از رئیسجمهور ایران سلب کرده است.
پس از انتقادات فراوان نمایندگان مجلس شورای اسلامی به لایحه بودجه سال ۱۴۰۰ خورشیدی که آخرین لایحه بودجه دولت روحانی است، موضوع به بیت رهبری کشیده شد و آن طور که روحانی در نامه به پاسدار محمدباقر قالیباف نوشته مطابق دستورات خامنهای، بخشهایی از دخل و خرج لایحه بودجه را تغییر داده است.
نتیجه آن شد که خامنهای به روحانی دستور داد این است که لایحه بودجه سال ۱۴۰۰ خورشیدی باید ۴۰ هزار میلیارد تومان درآمد کمتری برای دولت در نظر بگیرد. به این معنی که دولت در هزینههایی که در سال آینده دارد، باید این مبلغ را صرفهجویی کند. روحانی از لایحه اول خود دفاع کرده و از مجلس خواسته بود که با تصویب آن کمک کند دولت آخرین سال خود را بر اساس محاسباتی که انجام داده شروع کند اما بر خلاف قانون اساسی، این اختیار با دخالت رهبر جمهوری اسلامی از رئیسجمهور سلب شد.
مطابق اصل ۱۲۶ قانون اساسی جمهوری اسلامی مصوب سال ۱۳۶۸ «رئیسجمهور مسئولیت امور برنامه و بودجه و امور اداری و استخدامی کشور را مستقیما بر عهده دارد و می تواند اداره آنها را به عهده دیگری بگذارد». علی خامنه ای در سال ۱۳۶۳ و در زمان ریاستجمهوریاش بر اختیارات خود بر اساس اصل ۱۲۶ قانون اساسی سال ۱۳۵۸ که تفاوت اندکی با اصل امروزی دارد، اصرار داشت.
پیشتر نیز در هنگام اعتراض مجلس و آماده شدن برای کم کردن درآمد دولت، یکی از اعضای شورای نگهبان اعلام کرده بود که این کار در اختیار رئیسجمهوری است و مجلس نمیتواند تغییر بزرگی در دخل و خرج دولت ایجاد کند. در برابر اما خامنهای در اقدامی کمسابقه در زمینه بودجهبندی دولت هم دخالت کرد و با نقض اختیار واضح رئیسجمهور در اصل ۱۲۶، سابقه منفی تازهای در نقض صریح قانون اساسی جمهوری اسلامی از خود به جا گذاشت.
حسن روحانی مسئول حُسن اجرای قانون اساسی، نه تنها انگیزهای مشابه خامنهای در سال ۱۳۶۳ از خود نشان نداد؛ بلکه با سکوت و همراهی در این زمینه، مباشر نقض قانون اساسی شد که از قضا این بار اختیارات خود او را سلب کرد.