علی مطهری نماینده مجلس گفت که دستگاههای امنیتی و اطلاعاتی باید از مازیار ابراهیمی به خاطر شکنجه و اعتراف‌گیری اجباری از او درباره ترور دانشمندان هسته‌ای ایران، عذرخواهی کنند.
علی مطهری در گفت و گو با خبرگزاری خانه ملت افزود: «دستگاههای امنیتی، اطلاعاتی و قضایی در زمینه ترور دانشمندان هسته‌ای نباید بی‌جهت و برای اینکه به قول خودشان اقتدار نظام را نشان دهند، افراد بی‌گناهی را متهم کنند».
مطهری افزود: «این دستگاه‌ها برای اینکه مسئولیت را از سر خود باز کنند، دست به بازداشت و اعتراف‌گیری زده‌اند و آن‌ها باید خسارت‌هایی را نیز که به این افراد وارد کرده‌اند، جبران کنند».
مازیار ابراهیمی پیشتر در یک مستند تلویزیونی که از شبکه بی‌بی‌سی فارسی پخش شد گفته بود که برای اعتراف اجباری به قتل دانشمندان هسته‌ای ایران، تحت فشار و شکنجه ماموران امنیتی وزارت اطلاعات ایران قرار گرفته بود.
حکومت ایران در یک برنامه به نام کلوپ ترور که از تلویزیون رژیم پخش شد، مازیار ابراهیمی و ۱۲ نفر دیگر را وادار به اعتراف کردند که بگویند برای ترور چهار نفر از دانشمندان هسته‌ای از جمله مجید شهریاری و مسعود علی‌محمدی به اسراییل رفته و آنجا آموزش دیده‌اند.
علی مطهری گفت: «برای اینکه به سرعت جوابی به مردم دهند و مسئولیت را از سر خود باز کنند، اقدام به بازداشت افرادی کنند و بعد هم آن‌ها را تحت فشار وادار به اعترافاتی درباره ترور دانشمندان هسته‌ای ایران کنند و در صداوسیمای جمهوری اسلامی هم نمایش دهند، اصلا متناسب با اخلاق و روش‌های اسلامی ما نیست نمی‌شود که ما هم مانند سایر نظام‌های امنیتی و اطلاعاتی از این قبیل جنایت‌ها انجام دهیم».
نایب‌رییس پیشین مجلس افزود: «متاسفانه شاهد هستیم که در جمهوری اسلامی از این اتفاقات رخ می‌دهد و افرادی به بهانه حفظ نظام، ممکن است فردی را که جنایتی مرتکب نشده متهم کنند».
مطهری گفت: امیدوار است مورد مازیار ابراهیمی برای مسئولان دستگاههای امنیتی و اطلاعاتی جمهوری اسلامی عبرت شود.باید حیدر مصلحی، وزیر وقت اطلاعات در دولت محمود احمدی‌نژاد، در زمینه این اعتراف‌گیری پاسخ‌گو باشد.
آخوند طالقانی پیشتر گفته بود : ما در اسلام از این چیز‌ها شکنجه و سلول انفرادی نداریم… زیرا در صورت استقرار اسلام ابراز عقیده و بیان آزاد است و مردم برای ابراز نظر و عقیده منعی ندارند. ما خواستار جامعه‌ای هستیم که حتی در آن اگر کسی طرفدار استقرار رژیم سلطنتی هم باشد بیاید و آزادانه حرفش را بزند. در هر جامعه‌ای که آزادی بیان و عقیده و امثالهم وجود داشته باشد، مسلم است مخالفان به سوی خشونت هم نخواهند رفت.
مطهری، اساسا تو و امثال تو نشسته اید که دکمه اتان را خامنه ای فشار بدهد که دهان گشادتان را برای دروغ درمانی ویاوه گویی باز کنید. پس جنگ ۸ ساله ایران و عراق، چپاول ۴۰ ساله مال مردم، زلزله امدی کرمانشاه به دست پاسداران مزدور و همانطور باز کردن سدهای اب و راه انداختن سیل به جان مردم چیزی نبود؟؟؟