محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، با ارائه روایتی متفاوت از کشته شدن محسن فخری‌زاده، از مقامات ارشد سپاه پاسداران گفت: «سلاح استفاده شده در ترور محسن فخری‌زاده متعلق به ناتو است.».
رضایی روز چهارشنبه ۱۹ آذرماه در یک نشست خبری با اشاره به گزارش محمد باقری، رئیس ستاد کل نیروهای مسلح درباره این پرونده گفت: «از آنجا که جاسازی دقیقی از محل عبور فخری‌زاده انجام شده و همچنین چون تیرها صداخفه‌کن داشته و خانواده و محافظان صدای گلوله را نمی‌شنیدند، این عملیات با موفقیت همراه بوده است.»
پیشتر دو فرزند محسن فخری‌زاده هم در گفت‌‌و‌گویی با سیمای جمهوری اسلامی گفته بودند که تیرهای شلیک شده به سمت پدرشان بی‌صدا بوده و فخری‌زاده بدون حضور مستقیم محافظانش ترور شده است.
تاکنون گزارش‌های متناقض و متفاوتی از سوی مقام‌های جمهوری اسلامی درباره کشتن فخری‌زاده منتشر شده است. به‌تازگی علی فدوی، جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران، نیز گفت تیرباری که برای عملیات به کار رفت ماهواره‌ای و آنلاین کنترل می‌شد.
اکنون محسن رضایی در شرایطی سلاح عملیات کشتن فخری‌زاده را متعلق به ناتو می‌خواند که پیشتر شبکه «پرس‌تی‌وی»، تلویزیون انگلیسی صداوسیمای جمهوری اسلامی، در گزارشی به نقل از منبعی که نامی از آن نبرد اعلام کرد «سلاح جمع‌آوری شده» از محل عملیات دارای آرم و مشخصات صنایع نظامی اسرائیل بوده است.
علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، در روز تدفین جسد فخری‌زاده گفت که دستگاه‌های اطلاعاتی جمهوری اسلامی از احتمال وقوع حادثه و محل انجام عملیات علیه او اطلاع داشتند.
روز سه‌شنبه نیز امیرعبداللهیان، دستیار ویژه رییس مجلس ایران در امور بین‌المللی، اعلام کرد برخیعاملان اجرای ترور فخری‌زاده شناسایی و بازداشت شده‌اند. هنوز گزارش رسمی از سوی مقام‌ها و نهادهای امنیتی مرتبط در این زمینه منتشر نشده است.
