در رابطه با شیوه هلاکت محسن فخری زاده، این احتمال مطرح گردیده که شماری از مقامات اطلاعاتی مامور حفظ جان وی، با یک قدرت خارجی همکاری می کرده اند و اطلاعاتی که از آنها کسب شده، به طراحان سوء قصد امکان داده مسیر او را به دقت رهیابی کنند و به اجرای موفقیت آمیز برنامه خود بپردازند.
آشنایان امور امنیتی می گویند که طراحی یک چنین سوء قصدی، به تجربیات بسیار گسترده و برخورداری از یک زیرساخت بسیار قوی اطلاعاتی نیاز دارد.
علیرغم این ادعا که فخری زاده مورد حفاظت قرار نداشته و قتل او نباید شکست شاخه حفاظت سپاه پاسداران محسوب شود، در گزارش های داخلی رژیم نیز تایید شده که فخری زاده دارای چندین محافظ بوده است.
مقامات رژیم ادعا می کنند که یک اتومبیل انفجاری از نوع نیسان، در مسیر عبور نهاده شده بود که به دنبال انفجار آن، اتومبیل فخری زاده متوقف گردید و فرد یا افرادی از اتومبیل دیگری پیاده شدند و با تیربار محافظین فخری زاده را از پای درآوردند و خود او را نیر به هلاکت رساندند.
در هر حال، این ادعا که فخری زاده در اثر انفجار اتومبیل نیسان به هلاکت رسده درست نیست زیرا اتومبیل او سالم بوده، اما آثار اصابت چندین گلوله به بدنه و شیشه جلوی اتومبیل به خوبی دیده می شود.
قتل فخری زاده، کمتر ار چهار ماه پس از ترور فرد شماره دو القاعده در خیابان پاسداران تهران رخ می دهد. پیش از آن نیز انفجارها و خرابکاری های متعددی در ایران رخ داده که رژیم هنوز نتوانسته است عاملین آن را ردیابی کند.
در شکایت نامه ای که رژیم ایران شب گذشته (آدینه) برای دبیرکل سازمان ملل فرستاد، آمده است که علائم بسیار نشان می دهد که هلاکت فخری زاده به دست عوامل مسلح اسرائیل صورت گرفته است.
در این شکایت نامه به شیوه ای تهدیدآمیز قید گردیده که حکومت ایران حق واکنش و دفاع از خود را محفوظ می داند. این هشدار از جانب حکومتی بیان گردیده که اسرائیل را به نابودی تهدید می کند و سازمان های ترور را پرورش می دهد و در چهار کشور جهان به دخالت های جنگی پرداخته است.
با آن که حسن روحانی در سخنان امروز خود ادعا کرد که قتل فخری زاده موجب کندی برنامه های اتمی رژیم ایران نخواهد شد، برخی کارشناسان امور در اسرائیل ارزیابی می کنند که قتل این فرد موجب وارد آمدن یک ضربه زیاد به پیشرفت این برنامه های خواهد بود و تلاش موفقیت آمیز دیگری برای اخلال در برنامه های اتمی حکومت می باشد.
با آن که رسانه های اسرائیلی درباره هلاکت فخری زاده در شهرک آبسرد دماوند گزارش های بسیاری انتشار داده اند، ولی دولت اسرائیل همچنان در این زمینه به سکوت ادامه می دهد. اسرائیل هرگز مسؤولیت عملیاتی را که در داخل ایران انجام شده به عهده نگرفته است.
هیچ یک از کشورهای جهان، با رژیم ایران به خاطر هلاکت این فرد ابراز همدردی نکرد. تنها، حکومت چپ گرای کنونی در ونزوئلا و سازمان های ترور فلسطینی و عربی بودند که به حمایت ار رژیم ایران بیانیه انتشار دادند. حزب الله در بیانیه خود تهدید کرد که اسرائیل با انتقام سختی روبرو خواهد شد. ولی دو گروه تروریستی حماس و جهاد اسلامی در غزه، به انتشار بیانیه هایی در نکوهش این هلاکت بسنده کردند
